Насколько я помню, по кодексу джедая нельзя убивать безоружного. С этой проблемой столкнулся и Эни (врятли бы он убил Дуку без подталкиваний Палпатина), и Мэйс Винду (но там стоял вопрос существования Ордена Ситхов). Думаю, помимо крепкой дружбы Оби-Вану помешало убить Эни хорошее дждайское воспитание, если так можно выразиться.