Всех выключили в конце Эп. 3, а
отсюда судьба их начала сильно разниться (Н. Лесков). Одних пустили в переплавку, другие просто валялись-пылились-ржавели всеми забытые - пока йавы не нашли

. Голосовала за 5 вариант, хотя его лучше было бы назвать "По-всякому случалось".
По известной мне информации, боевых дроидов просто отключили и затем аннигилировали, т.е. уничтожили.
По игре БФ2 видно,что роботы на Геонозисе остались,но в отключке. Пока их не Включили.
Далее в игре "сила корупции" есть тайная база дроидов.Также и с клонами и в БФ2 и в "сила корупции". Однообразие какое то.
Это случайно не Гизор Делсо? Тогда еще 501-й Легион с реактивированным флотом дроидов поцапались... Но там, имхо, на Мустафаре дело происходило, а не на Джеонозисе.
Хотя сам Делсо был джеонозианец. Тот еще жук...

А не легче было бы,оставшихся дроидов перепрограммировать, и включить в армию империи?
У осломордых (B-1) кроме низкой цены и массового производства никаких прочих достоинств не было. Разве что произнести голосом Масяни-киборга что-нибудь вроде: "По-лучи-би-летик-в-бакта-ка-меру!"

. Клоны все три года рвали их как тузик грелку, голыми руками им шеи скручивали. Для Империи в конце-концов дешевле выходило человека на штурмовика обучить, чем штамповать и терять осломордых пачками

.
С супер-баттлами (B-2) все намного интереснее. Не в курсе, применялся ли в имперской армии оригинальный вариант от КНС - а вот сама идея развитие получила. Генерал Ром Мокх изучал технику КНС и создал своих знаменитых "Темных Штурмовиков" именно на основе B-2. Запуску в производство помешал Кайл Катарн. В ~15 ABY Лэнник Ракто, некий столичный мафиози, развернул на Луне Контрабандистов производство весьма модифицированных супер-баттлов с дефлекторами (как у дройдек) и броней, устойчивой к световому мечу (а-ля магна-стражи). Возрожденная Империя (Тавион Аксмис) очень заинтересовалась и собиралась заказать себе дроидную армию

, Новая Республика (Мон Мотма) тоже заинтересовалась и Джейден Корр был(а) отправлен(а) на перехват

.
Еще интереснее почему повстанцы наследием КНС никак не воспользовались, даже не попытались. При их-то диком напряге с ресурсами? Ох, как не помешало бы! Ведь могли же разыскать несколько заброшенных фабрик ТФ/КНС и раскочегарить их. Вон, на Хоте сколько людей потеряли. Нет чтобы посадить в окопы дроидов - и улетать спокойнехонько...
Или перепрограмирование дроидов на более нужные цели. В сельскохозяйственный корпус например...
Имхо, и такие случаи были. В "Войнах Клонов 2008" (1 сезон, 18-я серия) один смышленый паренек лет 12-ти с планеты Айего (той самой, где жили ангелы) по имени Джейбо Гуд перепрограммировал кучу брошенных сепами осломордых в слуг

. В скобках хотела бы заметить, что это - недавно введенный "Т-канон" (который ниже "канона Лукаса", но всяко выше "Расширенной Вселенной"), так что достоверность информации порядка 80-90%.
Не вижу причин, чтобы кто-то не проделывал подобное позднее. Те же йавы например. Как сказал сам Джейбо,
зачем добру пропадать зазря 
. Сельскохозяйственный Корпус канул в лету вместе с джедаями. А вот в прислугу, или в охрану... почему нет?